وصیت عارف بزرگ آیت الله نخودکی طبق نقل پسرش اینگونه است:
ولقد وصینا الذین اوتوا الکتاب من قبلکم و ایاکم ان اتقوا الله….
نیست جز تقوی در این ره توشه ای/ نان و حلوا را بنه در گوشه ای
«بالتقوی بلغنا ما بلغنا»، اگر در این راه، تقوی نباشد، ریاضات و مجاهدات را هرگز اثری نیست و جز از خسران، ثمری ندارد و نتیجه ای جز دوری از درگاه حق تعالی نخواهد داشت. حضرت علی بن الحسین علیهما السلام فرمایند:
انّ العلم اذا لم یعمل به لم یزدد صاحبه الا کفرا و لم یزدد من الله الاّ بعدا
اگر آدمی، یک اربعین به ریاضت پردازد، اما یک نماز صبح از او قضا شود، نتیجه آن اربعین، هباءً منثوراً خواهد گردید.
*بدان که در تمام عمر خود، تنها یک روز، نماز صبحم قضا شد، پسر بچه ای داشتم شب آن روز از دست رفت. سحرگاه، مرا گفتند که این رنج فقدان را به علت فوت نماز صبح، مستحق شده ای. اینک اگر شبی، تهجدم ترک گردد، صبح آن شب، انتظار بلایی می کشم.
*بدان که انجام امور مکروه، موجب تنزل مقام بنده خدا می شود که به عکس اتیان مستحبات، مرتبه او را ترقی می بخشد.
*بدان که در راه حق و سلوک این طریق، اگر به جایی رسیده ام، به برکت بیداری شبها و مراقبت در امور مستحب و ترک مکروهات بوده است، ولی اصل و روح همه این اعمال، خدمت به ذراری ارجمند رسول اکرم صلی الله علیه و آله است.
اکنون پسرم، تو را به این چیزها وصیت و سفارش می کنم:
اول: آنکه نمازهای یومیه خویش را در اول وقت آنها به جای آوری.
دوم: آنکه در انجام حوائج مردم، هر قدر که می توانی بکوشی و هرگز میندیش که فلان کار بزرگ از من ساخته نیست، زیرا اگر بنده خدا در راه حق، گامی بردارد، خداوند نیز او را یاری خواهد فرمود.
[در این جا عرضه داشتم: پدرجان، گاه هست که سعی در رفع حاجت دیگران، موجب رسوایی آدمی می گردد. فرمودند: چه بهتر که آبروی انسان در راه خدا بر زمین ریخته شود.]
سوم: آنکه سادات را بسیار گرامی و محترم شماری و هر چه داری، در راه ایشان صرف و خرج کنی و از فقر و درویشی در اینکار پروا منمایی. اگر تهیدست گشتی، دیگر تو را وظیفه ای نیست.
چهارم: از تهجد و نماز شب غفلت مکن و تقوی و پرهیز پیشه خود ساز.
پنجم: به آن مقدار تحصیل کن که از قید تقلید وارهی.
در این وقت از خاطرم گذشت که بنابراین لازم است که از مردمان کناره گیرم و در گوشه انزوا نشینم که مصاحبت و معاشرت، آدمی را از ریاضت و عبادت و تحصیل علوم ظاهر و باطن باز می دارد، اما ناگهان پدرم چشم خود بگشودند و فرمودند:
تصور بیهوده مکن، تکلیف و ریاضت تو تنها خدمت به خلق خدا است.
بعد از آن فرمودند:
چون صبحگاه روز یکشنبه کار من پایان یافت، اگر حالت مساعد بود، خودت مرا غسل بده و کفن و دفن مرا مباشرت کن.
همچنین سفارش کردند که مرحوم دکتر شیخ حسن خان عاملی که طبیب معالجشان بود ایشان را به جانب قبله کند و آداب میت را اجرا نماید. و به مرحوم سید مرتضی روئین تن مدیر روزنامه طوس نیز فرمودند:
شما هم صبح یکشنبه بیائید و بعد از فوت من یکساعت بالای سر من قرآن بخوانید.
چه انسان بزرگی بود اشیخ حسن علی نخودکی..
انشاالله در بهشت همیشه میهمان اهل بیت باشند