در نامه‌ای که از سوی علی مطهری در اختیار ایسنا گذاشته شده، محمد نهاوندیان رئیس دفتر رئیس‌جمهور خطاب به وزرای کشور و اطلاعات نوشته است:

«سلام علیکم

نامه مورخه 20/ 12/ 93 جناب آقای مطهری نماینده محترم مردم تهران در مجلس شورای اسلامی و ضمیمه آن درخصوص لغو برنامه سخنرانی ایشان در شیراز به دنبال حمله عده‌ای به نامبرده، به استحضار ریاست محترم جمهوری رسید. پی‌نوشت فرمودند: «گزارش پیوست از طرف جناب آقای دکتر علی مطهری نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی که در دلسوزی، آزادی بیان و دفاع از منافع و مصالح کشور یکی از نمایندگان نمونه و مورد علاقه و حمایت شدید مردم است و ماجرای حمله به ایشان توسط اوباش آن هم در شهر شیراز که شهر ادب و فرهنگ و تمدن است، تکان‌دهنده و مایه تاسف شدید اینجانب گردید. این ماجرا نشان از برنامه‌ریزی جدید افراطیون منحرف و منفور علیه امنیت، آزادی، اخلاق محمدی و فرهنگ اسلامی است که برای ملت بزرگ ایران و دولت خدمتگزار قابل تحمل نمی‌باشد. فورا دستور دهید هر دو وزارتخانه، عوامل شرور، ناقض قانون و دشمن‌شادکن و همچنین نیروهای حامی و آمر پشت پرده را شناسایی کنند و جهت اجرای عدالت به قوه قضائیه بسپرند. ضمنا مسئولین امنیتی استان که در این ماجرا قصور یا تقصیر داشته‌اند تحت تعقیب قانون قرار گیرند. هر چه سریع‌تر گزارش امر به اینجانب و هیات وزیران ارائه گردد.»

رونوشت این نامه که خطاب به عبدالرضا رحمانی فضلی و سیدمحمود علوی وزرای کشور و اطلاعات نوشته شده، به علی شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ملی، ‌علی مطهری نماینده مردم تهران در مجلس،‌ حسام‌الدین آشنا سرپرست مرکز بررسی‌های استراتژیک، اسماعیلی معاون ارتباطات و اطلاع‌سانی، معزی دبیر شورای اطلاع‌رسانی دولت، معاونت امور سیاسی و معاونت هماهنگی‌، پیگیری‌های ویژه و خدمات مدیریت نیز ارسال شده است.