ایسنا، اولين سنگ بناي دانشگاه فرماندهي و ستاد تأسيس آن در سال 1314 در محل دانشگاه جنگ – ضلع شمالی خیابان امام خمینی (ره)- نهاده شد.
پس از اتمام ساختمان تأسيس دانشگاه در تهران رسما گشايش يافت. در ابتدا يك گروه پنج نفري از افسران فرانسوي به عنوان كادر هيأت علمي و به منظور برنامه ريزي آموزشي و تدريس در استخدام ارتش ايران در آمدند. سرپرستي گروه ياد شده را نيز يك ژنرال فرانسوي بنام « ژاندر » برعهده داشت كه مسئوليت مديريت آموزش دانشگاه به وي محول شده بود. اين گروه تحت فرماندهي يكي از امراي ايران به فعاليت در اين زمينه مشغول شد.
در اواخر سال 1317 به دليل وقوع جنگ جهاني دوم و خروج فرانسويان، افسران ايراني فارغ التحصيل « دانشگاه جنگ» جايگزين افسران فرانسوي شده و كار طرح‌ريزي آموزش‌ها و تدريس را بر عهده گرفتند. در سال 1322 به علت مشكلات ناشي از جنگ دوم جهاني « دانشگاه جنگ » به طور موقت تعطيل شد و اين دوره ركود چهار سال به طول انجاميد.
در سال 1326 « دانشگاه جنگ » مجدداً گشايش يافت. در اين مدت تجديد نظر كلي در طول دوره و آموزش‌ها صورت گرفت و نام اين مركز فرهنگي به « دانشگاه فرماندهي و ستاد» تغيير و طول دوره آن يك سال تعيين شد.
در سال 1340 دانشگاه ديگري بنا بر نياز تحت عنوان « دانشگاه فرماندهي عالي و ستاد مشترك » كه آموزشهاي آن در سطح بالاتري نسبت به آموزشهاي دافوس قرار داشت و عمدتاً عمليات مشترك و مركب و كار در ستادهاي مشترك و مركب را مورد تأكيد قرار مي داد، تأسيس شد.
لازم بـه ذكر است كه مجموعه اين دانشگاه و « دانشگاه فرماندهي و ستاد » مجدداً به نام « دانشگاه جنگ » نامگذاري شده و در تابعيت فرمـاندهي ارتش قرار گرفت.
در سال 1344 بر حسب ضرورت و مصالح آموزشي « دانشگاه جنگ » منحل و به دو دانشگاه يعني « فرماندهي و ستاد » و فرماندهي عالي و ستاد مشترك تجزيه گرديد. « دانشگاه فرماندهي و ستاد نيروي زميني » در تابعيت نيروي زميني و « دانشگاه فرماندهي عالي و ستاد مشترك » در تابعيت ستاد مشترك ارتش قرار گرفتند.
در سال 1358 پس از پيروزي انقلاب شكوهمند اسلامي بنا به نياز در تجديدنظر و بازنگري مدارك آموزشي، دانشگاه تعطيل شد و با شروع جنگ عراق عليه ايران، بنا به ضرورت استادان دانشگاه براي طرح‌ريزي‌هاي عملياتي و شركت در عمليات و كسب تجارب عملي به صحنه جنگ شتافتند و لذا تعطيلي دانشگاه تا سال 1361 ادامه يافت.
در سال 1361 به علت نياز به افسران ستاد ديده عليرغم تنگناها و علاقه افسران به حضور مستمر در جبهه هاي جنگ « دانشگاه فرماندهي و ستاد نيروي زميني » بازگشائي و در دوره‌هاي آموزشي كوتاه مدت و فشرده به تعليم فرماندهان همت گماشت و آنان را آماده براي جبهه هاي حق عليه باطل نمود . تعدادي از اين سلحشوران به درجه رفيع شهادت نايل آمدند كه جا دارد به ارواح طيبه اين دلاور مردان بزرگ اسلام درود بفرستيم . روحشان شاد و راهشان مستدام باد .
در سال 1369 پس از تدوين و تصويب قانون ارتش جمهوري اسلامي ايران و اوامر موكد فرماندهي معظم كل قوا و تدبير رياست ستاد مشترك، دانشگاه‌هاي فرماندهي و ستاد نيروي زميني، نيروي هوايي و نيروي دريايي در يكديگر ادغام شدند و با نام دانشکده فرماندهي و ستاد ارتش جمهوري اسلامي ايران ( دافوس آجا )، تحت يك فرماندهي و در تابعيت ستاد مشترك ارتش جمهوري اسلامي ايران قرار گرفتند.
دانشكده فرماندهي و ستاد ارتش جمهوري اسلامي ايران (دافوس آجا) كه آموزش پرسنل منتخب آجا در مقطع كارشناسي ارشد مديريت امور دفاعي در گرايش‌هاي زميني، هوائي، دريايي و پشتيباني خدمات رزمي را بر عهده دارد، در تابعيت ستاد فرماندهي كل ارتش جمهوري اسلامي ايران است.
اين دانشكده علاوه بر اجراي برنامه‌هاي آموزشي مصوبه وزارت علوم به‌گونه‌اي كه دانشكده قادر باشد دروس مشترك و تخصصي را در چهار شاخه زميني، هوايي، دريايي و پشتيباني خدمات رزمي آموزش دهد، تهيه و پيشنهاد طرح‌هاي آموزشي به مقامات و مراجع ذيربط و اجراي برنامه‌هاي تحقيقاتي و مطالعاتي در زمينه‌هاي مرتبط را نيز در حيطه وظايف كاري خود جاي داده است.
از شرايط عمومي پذيرش دانشجو در اين دانشكده مي‌توان به دارا بودن درجه سرگردي يا سرهنگ دومي و داشتن مدرك كارشناسي مورد تاييد وزارت علوم از دانشگاه‌هاي داخل يا خارج از كشور اشاره كرد. همچنين سنوات خدمت دانشجويان به هنگام ورود به دافوس بايد حداكثر 24 سال مي باشد.
لازم به ذكر است كه همه ساله دانشجويان از كشورهاي دوست به عنوان مهمان پذيرفته مي‌شوند.
ابعاد مسؤليت دافوس شامل هدايت نيروي انساني و كاربرد تجهيزات و تداركات و بهره برداري از فناوري مي‌گردد. همچنين دوره كارشناسي ارشد مديريت امور دفاعي با هدف تربيت و آماده ساختن دانشجويان متعهد و برگزيده شاغل در نيروهاي مسلح جمهوري اسلامي ايران جهت احراز مشاغل حساس فرماندهي و ستادي در رده‌هاي بالاي نظامي تدوين گرديده است.
اما منظور از اين دوره بررسي عميق و دقيق‌تر وظايف و نقش يگان‌هاي بزرگ در عمليات و بهبود و توسعه مهارت و استعدادهاي دانشجويان در تشخيص و شناخت مسائل پيچيده فرماندهي و ستادي رده‌هاي بالاي نيروهاي مسلح و تنظيم راه‌حل‌هاي منطقي براي حل مشكلات، تجزيه و تحليل راه‌حل‌ها، تصميم گيري منطقي در مورد آن‌ها، طرح‌ريزي براي اجراي تصميمات متخذه، كنترل و نظارت و نهايتأ ارزيابي از نتايج است.
از اهداف ديگر اين دوره مي‌توان به فراهم آوردن زمينه‌هاي رشد فردي و حرفه‌اي، توسعه توانايي علمي دانشجويان براي تطبيق عملكرد سازمان‌ها و يگان‌هاي بزرگ نظامي با شرايط زمان، ايجاد انعطاف پذيري فكري و عملي در آن‌ها در قبال تغييرات و تحولات ناگهاني صحنه عمليات، چگونگي حصول به تصميمات منطقي در مورد آن‌ها و در نتيجه بالا بردن كارايي و ثمر بخشي نيروهاي مسلح جمهوري اسلامي ايران اشاره كرد.
سيستم آموزش اين دانشكده شامل حداكثر 24 واحد دروس كمبود يا جبراني، 8 واحد دروس اصلي مشترك و 20 واحد دروس تخصصي و چهار واحد پايان نامه انفرادي است.
مدت تحصيل در دانشگاه جهت دروس نظري 18 ماه و شامل سه ترم تحصيلي و يك ترم تابستاني است به طوري كه شروع ترم اول تحصيلي دانشجويان از اول مهرماه و شروع ترم دوم تحصيلي از اواخر بهمن ماه و پايان آن در نيمه دوم تيرماه سال بعد و شروع ترم تابستاني از اواخر تير ماه و پايان آن در نيمه دوم شهريور ماه هر سال است.