شجونی ضمن انتقاد از موضوع کاندیداتوری احمدی نژاد در ریاست جمهوری 96 گفت: اصولگرایان اگر بخواهند در انتخابات روی احمدینژاد بازی کنند، در اشتباه هستند. احمدینژاد در تمام هشت سال ریاست جمهوری خود، یکبار کلمه اصولگرایی را بر زبان جاری نکرد، بنابراین چرا اصولگرایان باید خود را خرج احمدینژاد کنند؟
شجونی ادامه داد: اگر شورای نگهبان احمدینژاد را تأیید صلاحیت کند، شخص بنده ابداً به او رأی نمیدهم، چونکه احمدینژاد برخی مسائل مثل دیدار با مراجع را رد کرده و اعلام کرده که اینها همه بازی است. همچنین، وزرای خود را خیلی ذلیلانه برکنار کرد.
سایت دولت بهار، سایت نزدیک به محمود احمدی نژاد فردای آن اظهارات، به شجونی حمله کرد و نوشت: اتهامات شجونی به دکتر احمدینژاد خود مستحق شلاق است.
از سوی دیگر، عبدالرضا داوری فعال رسانه ای نزدیک به احمدی نژا، اظهارات شجونی را افتادن وی در پازل اصلاح طلبان تفسیر کرد و گفت: اصلاحطلبان نمیتوانند بگویند که احمدینژاد باید رد صلاحیت شود چراکه با شعار آزادیخواهی و دموکراسیطلبی آنها تضاد پیدا خواهد کرد؛ بنابراین مساله محاکمه و دادگاهیشدن وی را مطرح میکنند. متاسفانه امثال آقای شجونی هم در پازل کلانی که اصلاحطلبان برای مقابله با احمدینژاد طراحی کردهاند، افتادهاند.
سعید حجاریان فعال سیاسی اصلاح طلب، اولین فردی بود که موضوع دادگاهی کردن احمدینژاد را مجوزی برای حضور وی در انتخابات ریاست جمهوری 96 عنوان کرد.