با انتخاب عباس آخوندی به عنوان وزیر راه و شهرسازی، می‌شد حدس زد که سرنوشت مطلوبی در انتظار طرح مسکن مهر نیست، چرا که آخوندی در سال‌های اخیر از منتقدان همیشگی این طرح بوده است.
آخوندی پس از کسب رأی اعتماد مجلس و نشستن بر مسند این وزارتخانه،پیش‌بینی‌ها را محقق کرد و پس از آن که چند بار علیه طرح مسکن مهر موضع‌گیری کرد، نهایتا برنامه خود را برای توقف کامل این طرح عملی نمود.
وزیر راه در آخرین اظهاراتش آب پاکی را بر دستان تمامی افرادی که امیدوار بودند با استفاده از تسهیلات مسکن مهر خانه‌دار شوند، ریخت و گفت: «طرح مسکن مهر طرح جالبی نبود از این رو باید متوقف شود،زیرا به نام این طرح در مکان نامرغوب و نامناسب چندین هزار واحد مسکونی احداث شد.»
آخوندی افزود: «فقط ساختن خانه مهم نیست بلکه مردم خدمات مختلف، روابط اجتماعی و امکانات حمل و نقل درست می خواهند؛ اینکه بگوییم ما می‌سازیم بقیه موظفند امکانات ایجاد کنند یعنی چه؟»
روحانی چند ماه پیش بهترین پاسخ را به اظهارنظر آخوندی درباره لزوم توقف مسکن مهر داده بود.
روحانی در روزهای تبلیغات انتخابات ریاست جمهوری، همین اشکالات و ایراداتی که امروز آخوندی به مسکن مهر وارد می‌کند را مطرح می‌کرد اما بر خلاف آخوندی، بر اصلاح این اشکالات و تداوم طرح مسکن مهر تایید داشت.
در حالی که آخوندی صراحتا مسکن مهر را «طرح بی‌جا» می‌داند، روحانی گفته بود: «ساخت مسکن مهر کار پسندیده‌ای است اما اشکالاتی دارد که در دولت جدید برطرف می‌شود.»
روحانی اظهار داشته بود: «طرح مسکن مهر با مشکلاتی مواجه است؛ ضمن آنکه اصل کار، کار پسندیده‌ای بود و در ابتدا قرار بود در طول 10 سال 200 هزار واحد ساخته شود اما تبدیل شد به یک و نیم میلیون واحد مسکونی لذا با شتاب‌زدگی، بدون مطالعه، بدون مکان‌یابی صحیح و رعایت اصول فنی و مهندسی کار انجام و باعث شد امروز این ساختمان‌ها عیوب فراوانی داشته باشند و بنابراین مسکن مهر اشکالاتی فراوانی دارد، اما چاره‌ای نیست و در دولت آینده باید نواقص آن برطرف شود.»
انتظار می‌رود رئیس‌جمهور با ورود در تصمیمات این وزارتخانه،ضمن عمل به وعده‌های خویش، مانع نا امید شدن هموطنانی شود که چشم امید به خانه‌دار شدن از طریق مسکن مهر دارند؛ زیرا وزیر راه تاکنون طرح جایگزینی برای مسکن مهر ارائه نکرده است.