رئیس مرکز بررسی‌های دکترینال امنیت بدون مرز به شدت از فیلم «ساختمان پزشکان» انتقاد کرد و آن را مروج افکار فروید دانست.
حسن عباسی در جمع دانشجویان طرح ولایت بسیج دانشجویی در واکاوی موضوع جنگ نرم و تهاجم فرهنگی دشمنان با اشاره به افکار «فروید»، جامعه امروزی ما را در دوره فروید دانست و گفت: «مهم‌ترین سریالی که از تلویزیون جمهوری اسلامی پخش می‌شود، ساختمان پزشکان مروج افکار فروید روانشناس یهودی است و پشت سر شخصیت‌های اصلی این سریال عکس فروید است.»
وی در مورد محوریت این سریال نیز گفت: «نظریه فروید این است که انگیزه انسان‌ها عامل حرکتشان است و باید انگیزه‌های آنها را کشف کرد؛ این انگیزه‌ها از قسمت ناخودآگاه انسان‌ها نشأت می‌گیرد؛ ناخودآگاه انسان بخشی است که خشم و شهوت انسان را رقم می‌زند و به تعبیر فروید قابل کنترل نیست و کاری که ساختمان پزشکان می‌کند، نشان دادن این انگیزه‌ها و تبیین آنها به مردم است.»
عباسی همچنین حضور مدیران صداوسیما که دارای دکترای روانشناسی هستند، در تیتراژ این سریال را نشانه‌ی این دانست که سریال کاملا حساب شده و با تأیید این مدیران ساخته شده است.