س از حذف تیم فوتبال تراکتورسازی از رقابت‌های جام حذفی مدیرعامل این باشگاه در اقدامی بحث برانگیز از سمت خود استعفا داد تا یکی از باشگاه‌های پرمخاطب فوتبال ایران گرفتار چالش مدیریتی شود، هرچند جعفری از مسوولیت خود کناره گیری کرد اما پیش بینی می‌شود وی در صورت میانجیگیری هیات مدیره دوباره به مسوولیت خود بازگردد.
دقایقی پس از حذف تیم فوتبال تراکتورسازی تبریز از رقابت‌های جام حذفی انتقادها از مدیریت باشگاه تراکتورسازی در شبکه استانی آذربایجان آغاز شد به گونه‌ای که کارشناسان و مجریان برنامه های ورزشی سیمای استانی مدیریت جعفری در باشاه تراکتورسازی را به نقد کشیدند تا به این ترتیب ناکامی‌ها اخیر را به سمت وی سوق دهند، پس از این اتفاق مدیرعامل باشگاه تراکتورسازی اقدام به استعفا کرد تا همه را غافلگیر کند.
وقتی خبر استعفای جعفری روی سایت رسمی تراکتورسازی منتشر شد هیچ یک از نزدیکان وی باور نمی کردند مدیرعامل باشگاه چنین تصمیمی گرفته باشد اما محمدحسین جعفری مدیرعامل باشگاه تراکتورسازی پس از حذف برابر داماش در ضبات پنالتی از سمت خود استعفا داد.
مدیرعامل تراکتورسازی در متن استعفای خود نکات جالبی آمده است:«در طول حضور 2.5 ساله ام به عنوان فرزند دیار غیور آذربایجان سعی در افتخار آفرینی برای مردم مهربان و طرفداران تراکتور داشته ام اما امروز احساس می کنم که گفته مجری خوب صدا وسیما آقای ساعی صحیح و بجاست که بعد از اتمام بازی داماش – تراکتور در جام حذفی که گفتند: ” به اندازه کافی صدا وسیما و سایت ها سکوت کرده اند و به مدیرعامل فرصت داده اند…»
وی در بخش دیگری از متن استعفای خود آورده است :« بله، من قبول دارم که اگر پنالتی زن خوب می آوردم و یا دیوار دفاعی خوبی آماده حضور در میدان داشتم تراکتور حتماً برنده این بازی بود و به هر حال مسئولیت حذف تیم پر قدرت تراکتور از جام حذفی را می پذیرم و عذر خواهم.
بنده تا زمانی که فکر می کردم بودنم مفید و موثر است با مشکلات جنگیدم اما حالا که به گفته نماینده صدا و سیما ، مشکل بنده ام دیگر نمی خواهم با بودنم باعث تضعیف تیم پر قدرت و محبوب تراکتورسازی باشم که مطمئنم یکی از مدعیان اصلی لیگ برتر بوده و خواهد بود. از خدای منان آرزومندم با حضور مدیری با قدرت و توانمند که در خطه آذربایجان هم کم نیست روند رو به رشد تیم تراکتورسازی همچنان ادامه یابد؛ و وجدانم راحت است چرا که همه داشته هایم را وقف تراکتور ، هواداران و شادی مردم کردم.»
وی در پایان متن استعفای خود آورده است:« از تمامی هواداران عزیز تراکتور که جعفری را تاکنون حمایت کرده و مشوق او برای مبارزه با مشکلات و ارتقاء جایگاه تراکتور در فوتبال ایران بوده اند سپاسگذارم و از آنها حلالیت می طلبم.»
حال سوال اینجاست آیا استعفای مدیرعامل تراکتورسازی واقعی خواهد بود یا این که هیات مدیره با دلجویی از وی او را دوباره به مسوولیت خود بازمی گردانند تا وی به این شکل از زیر فشار منتقدان سرسخت خود خارج شود