به گزارش مشرق به نقل از فارس، ابوالحسن بنی صدر 5 بهمن 1358، یک سال پس از پیروزی انقلاب اسلامی به عنوان نخستین رئیس جمهور ایران با بیش از 10 میلیون رأی انتخاب شد.
این انتخابات در شرایطی برگزار شد که دولت موقت مهندس مهدی بازرگان استعفا داده و مدیریت نظام به شورای انقلاب محول شده بود. ابوالحسن بنی صدر، سید احمد مدنی، حسن حبیبی، داریوش فروهر، صادق طباطبائی، محمد مکری، کاظم سامی و صادق قطب‌زاده کاندیداهای شاخص اولین دوره انتخابات ریاست جمهوری بودند.
بنی‌صدر در طول 17 ماه ریاست جمهوری، از یکسو با میدان دادن به سازمان مجاهدین خلق (منافقین) و دیگر گروه‌های ضد انقلاب سبب تقویت آنها شد و از سوی دیگر در برابر اکثر مصوبات مجلس شورای اسلامی، قوه قضائیه، شورای نگهبان و برخی دیگر از نهادهای برخاسته از انقلاب ایستادگی کرد.
کُندی و کارشکنی‌های وی در جبهه‌های جنگ تحمیلی از جمله جبهه سوسنگرد و خرمشهر، امام و مردم را نسبت به او ناامید کرد.
یکی از فرماندهان دفاع مقدس می‌گوید: «در دوران جنگ تحمیلی عراق علیه ایران، بنی‌صدر جوسازی می‌کرد که نیروهای مسلح نمی‌گذارند من کار کنم؛ لذا امام فرماندهی کل قوا را به او واگذار کرد. البته امام امت (ره) از بنی صدر ترس و واهمه‌ای نداشت و با اینکه درباره او شناخت داشت اما چون بنی‌صدر جوسازی می‌کرد که نیروهای نظامی با او مخالفند و از او تبعیت نمی‌کنند و او نمی‌تواند اقدام لازم داشته باشد، امام فرماندهی را به او تفویض کرد.
امام در زمان حکم ریاست جمهوری بنی‌صدر به او همه نصیحت‌ها را گوشزد کرد ولی از آنجا که فکر او و حتی تمام وجودش وابسته به استکبار بود، مخالفت و تفرقه‌افکنی می‌کرد اما از آنجا که کسی نتوانسته بود ثابت کند، نمی‌توانستند اقدامی انجام دهند. بعدها روشن شد که بنی‌صدر خائن بوده و جنایت کرده است. او با سپاه و بسیج مشکل داشت. با همه این اوصاف، سپاه وارد میدان جنگ شد اما در همان جا هم بنی‌صدر می‌گفت: جنگ فرمول دارد و شما بلد نیستید بجنگید.
نمایندگان حضرت امام (ره) در دوران دفاع مقدس رهبر معظم انقلاب و شهید چمران بودند. شهید چمران ستادی تحت عنوان ستاد جنگ‌های نامنظم تشکیل داده بود؛ آقای خلخالی نیز نیروهایی تحت عنوان فدائیان اسلام تشکیل داده بود اما اینجا بنی‌صدر به جای اینکه وحدت ایجاد کند، تفرقه می‌انداخت».
بعد از اثبات این خیانت‌ها، هم برای ملت و هم برای مسئولان؛ در بیستم خرداد 1360 حکمی مبنی بر برکناری بنی‌صدر از فرماندهی نیروهای مسلح از سوی امام خمینی(ره) در جماران صادر شد. امام خمینی(ره) 10 روز پس از این حکم، با حکم دیگری بنی صدر را از مقام ریاست جمهوری نیز عزل کردند. این حکم در پاسخ به نامه هاشمی رفسنجانی رئیس وقت مجلس شورای اسلامی صادر شد.
متن نامه آقای هاشمی رفسنجانی و پاسخ امام خمینی (ه) به شرح زیر است:
بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم
محضر شریف حضرت آیت‌الله العظمی امام خمینی دامه‌الله‌ظله
محترما به عرض می‌رساند مجلس شورای اسلامی در جلسه مورخ 31 خرداد 1360 پس از بحث و بررسی با حضور 190 نفر به شرح زیر:
آراء موافق 177 نفر – رای مخالف 1 نفر – آراء ممتنع 12 نفر
در مورد آقای سید ابوالحسن بنی‌صدر بر این قرار گرفت که آقای ابوالحسن بنی صدر برای ریاست جمهوری اسلامی ایران کفایت سیاسی ندارد. به موجب اصل 110 قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران مراتب برای اتخاذ تصمیم به خدمت امام عظیم‌الشأن گزارش می‌‌شود.
رئیس مجلس شورای اسلامی
اکبر هاشمی رفسنجانی
پاسخ امام خمینی (ره) به شرح زیر است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
پس از رأی اکثریت قاطع نمایندگان محترم مجلس شورای اسلامی مبنی بر اینکه آقای ابوالحسن بنی صدر برای ریاست جمهوری اسلامی ایران کفایت سیاسی ندارد، ایشان را از ریاست جمهوری اسلامی ایران عزل نمودم.
اول تیر 1360
روح الله الموسوی الخمینی
بنی‌صدر، یک ماه پس از عزل توسط امام خمینی(ره)، هفتم مرداد 1360 با یک فروند هواپیمای بوئینگ 707 به خلبانی سرهنگ معزی ـ خلبان ویژه شاه ـ از کشور گریخت.
معزی در دی ماه 1357 پس از آنکه شاه را به مصر و سپس به مراکش برد، دربازگشت از مراکش با تظاهر به جانبداری از انقلاب اسلامی به ایران بازگشت. بنی صدر هنگام ورود به فرودگاه مهرآباد برای فرار از کشور، سوار بر اتومبیل وانت و ملبس به لباس زنانه بود.
امام خمینی (ره) در دیدار با خانواده شهدای هفتم تیر ماه، فرمایشاتی داشتند که در جلد چهاردهم صحیفه نور به ثبت رسیده است: من بسیار متأسفم از اینکه کوشش کردم که در این دوره اول جمهوری اسلامی این‌طور مسائل پیش نیاید و این‌طور عزل و نصب‌ها نشود؛ لکن با کمال کوششی که کردم اینها نتوانستند بفهمند.
من با زبان‌های مختلف آنها را دعوت کردم به اینکه رها کنند این راهی را که در پیش دارند و با ملت ایران این‌طور نکنند و من می‌خواستم که تمام این کسانی که در کار دولتمردی هستند تا آخر انقلاب و پیروزی انقلاب، همه در محل خودشان باقی باشند و این جمهوری اسلامی را همه باهم به آخر برسانند و به پیروزی مطلق.
لکن دست‌هایی در کار بود و گرگ‌هایی بود در بین اینها که نگذاشتند آن مطلبی را که می‌خواستیم نشود، نشود. وقتی احساس شد که اینها یک نقشه شیطانیِ اتحاد با منافقینی که دیروز، پریروز ریختند در خیابان‌ها و جوان‌های ما را سر بریدند، مال و اموال مردم را آتش زدند و خیابان‌ها را به فساد کشاندند، با اینها دست در دست هم داده بودند و با گروه‌های منحرف دیگر دست به دست هم داده بودند برای اینکه این کشور را به تباهی بکشند، وقتی که احساس یک همچو خطری شد، من قبلاً هم گفته بودم که اگر من احساس خطر بکنم، آن چیزی را که به شما داده‌ام، پس می‌گیرم.
همین است، کسانی که ادعای اسلام می‌کنند، همین است رفتار آنهایی که ادعای منافع مردم را می‌کنند، می‌گویند ما طرفدار خلق هستیم. من نمی‌دانم خلقی که اینها طرفدار هستند در کجای دنیا زندگی می‌کنند، این خلق در ایران است یا در آمریکاست یا در شوروی؟
من مع‌الاسف چون می‌بینم در بین اینها بسیاری‌شان گول خوردند، جوانان پاکدلی بودند که این گرگ‌ها آنها را منحرف کردند و من امید این را دارم که این جوان‌ها برگردند، اینها به دامن ملت برگردند، به دامن اسلام برگردند، از این جهت من موعظه می‌کنم آنها را، موعظه می‌کنم پدر و مادر اینهایی که گول خورده‌اند، که جوانان خودشان را نگذارند برای ایده‌های چند نفر خائن که می‌خواهند در این کشور حکومت کنند و پشتیبان آنها هم آمریکاست یا شوروی، نگذارید جوانان شما تباه شوند.