نایبی از عدم موافقت فرمانداری تهران با افزایش نرخ کرایه تاکسی در سال 1391 خبرداد.
محسن نایبی در گفت‌وگو با فارس اظهار داشت: فرمانداری تهران با مصوبه شورای اسلامی شهر تهران در خصوص افزایش نرخ کرایه انواع تاکسی‌ها موافقت نکرد و به این مصوبه اعتراض کرد.
نایبی علت اعتراض به این مصوبه را مغایرت آن با ابلاغیه مقام عالی وزارت کشور مبنی بر مخالفت با هرگونه افزایش کرایه وسایل حمل ونقل عمومی در سال 1391 تا اجرای فاز دوم هدفمند کردن یارانه ها برشمرده است.
بنا بر اظهارات نایبی، در ابلاغیه وزیر کشور که به تمامی استاندران سراسر کشور ارسال شده است، آمده است: درخصوص آمادگی برای اجرای گام بعدی قانون هدفمند کردن یارانه ها، لازم است ضمن نظارت و پایش مستمر کرایه سامانه های حمل و نقل درون شهری ( اتوبوس ، مینی بوس ، تاکسی و … ) و عوارض ترتیبی اتخاذ فرمائید تا از هرگونه افزایش قیمت خودداری شود.
فرماندار تهران در پایان از شورای اسلامی شهر تهران خواست نسبت به اعمال ماده80 قانون شوراها در این زمینه اقدام کند.