حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی با صدور حکمی آقای دکتر علی اکبر ولایتی را به عنوان رئیس هیأت مؤسس دانشگاه آزاد اسلامی منصوب کردند.
متن حکم رهبر معظم انقلاب به شرح زیر است:
بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم
اعضای محترم هیأت مؤسس دانشگاه آزاد اسلامی
با عنایت به فقدان تأثرانگیز رئیس محترم هیأت مؤسس و هیأت امناء دانشگاه و سکوت اساسنامه مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی در چگونگی انتخاب رئیس هیأت مؤسس و ضرورت تسریع در انتخاب فرد عهده‌دار این مسئولیت، جناب آقای دکتر علی اکبر ولایتی از اعضای آن هیأت را به‌عنوان رئیس هیأت مؤسس منصوب میکنم تا هیچگونه وقفه‌ای در تمشیت قانونی امور آن دانشگاه -که نقش مؤثری در امر آموزش عالی کشور دارد- بوجود نیاید. همکاری اعضای محترم هیأت مؤسس و هیأت امناء و شورای عالی انقلاب فرهنگی در تکمیل اعضای هیأت مؤسس و هیأت امناء مورد انتظار جدّی اینجانب است.
سید علی خامنه‌ای
۳۰ دی‌ماه ۱۳۹۵
۳۰ دی‌ماه ۱۳۹۵