متن پیام تسلیت رهبر انقلاب به شرح زیر است:

بسمه تعالی

با تأسف فراوان خبر درگذشت روحانی مبارز و آزاده جناب حجت الاسلام آقای حاج شیخ جعفر شجونی را دریافت کردم. آن مرحوم از مبارزان دیرین با رژیم طاغوت و از وفاداران به امام و انقلاب و نظام مقدس جمهوری اسلامی در سراسر عمر تبلیغی خود بود. منبرهای روشنگر و بیان صریح و شیرین او خاطره‌های ماندگاری در ذهن و دل آشنایان این روحانی شجاع بر جای گذاشته است.
از خداوند متعال غفران و رحمت برای آن مرحوم و صبر و اجر برای بازماندگانشان مسألت می‌کنم.

سیّد علی خامنه‌ای
۱۷/آبان/۱۳۹۵