شجریان نخستین بار با فرخنده گل افشان ازدواج کرد و صاحب ۴ فرزند با نام های راحله، افسانه، مژگان و همایون شد. وی برای دومین بار در سال ۱۳۷۳ با کتایون خوانساری ازدواج کرد و رایان تنها فرزند این ازدواج در سال ۱۳۷۶ متولد شد.