در پی درگذشت آيت‌الله حاج شيخ محمد شاه آبادی، رهبر معظم انقلاب اسلامی در پيامی ارتحال اين عالم ربانی را تسليت گفتند.
متن پيام به اين شرح است:
بسم‌الله‌الرحمن‌الرحيم
ارتحال عالم ربانی، استادزاده‌ی امام بزرگوار، مرحوم آيةالله آقای حاج شيخ محمد شاه آبادی را به خاندان معزّز و مكرّم شاه آبادی و به همه‌ی ارادتمندان و شاگردان ايشان تسليت ميگويم و علو درجات آن روحانی عالیقدر را از خداوند متعال مسألت ميكنم.
ارتحال عالم ربانی، استادزاده‌ی امام بزرگوار، مرحوم آيةالله آقای حاج شيخ محمد شاه آبادی را به خاندان معزّز و مكرّم شاه آبادی و به همه‌ی ارادتمندان و شاگردان ايشان تسليت ميگويم و علو درجات آن روحانی عالیقدر را از خداوند متعال مسألت ميكنم.
سيد علی خامنه‌ای
18/دی/1390