در روز 6 تیر ماه 1360، زمانی که آیت‌الله خامنه‌ای نمایندگی امام در شورای عالی دفاع و نیز امامت جمعه تهران در مسجد ابوذر تهران جهت پاسخ به پرسشهای مردم پشت تریبون قرار گرفت، انفجار ضبط صوت بمب‌گذاری شده به یکباره سخنرانی را قطع کرد.
«محسن جواديان»محافظ و همراه رهبر اقتلاب بعدها درباره آن لحظات گفت: «پس از سخنراني ایشان پاسخ به پرسشها شروع شد و سؤال اول هم اين بود كه آيا راست است كه فلان وزير داماد شماست؟ آقا درآن تاريخ اصلا دختر نداشتند لذا با خنده فرمودند: «من اصلا دختر ندارم» كه جمعيت هم خنديدند. سؤال دوم اين بود كه چرا بر حسب فقه اسلامي زن نمي تواند قاضي شود؟ آقا در حال پاسخ دادن به اين پرسش بودند كه به ناگاه انفجار اتفاق افتاد».
پس از این ترور، با توجه به سخنرانیهای ایشان در روزهای قبل، تمام توجه ها به سمت سازمان مجاهدین خلق جلب شد اما این سازمان رسماً مسئولیت سوءقصد به آیة الله خامنه ای را برعهده نگرفت و اتهام آن را متوجه گروهك فرقان نمود.
حضرت امام خمینی(ره) پس از آن طی پیامی خطاب به آیة الله خامنه ای فرمودند:
اكنون دشمنان انقلاب به سوءقصد به شما كه از سلاله رسول اكرم)ص( وخاندان حسین بن علی(ع)هستید و جرمی جزخدمت به اسلام و كشور اسلامی ندارید و سربازی فداكار درجبهه جنگ و معلمی آموزنده در محراب وخطیبی توانا درجمعه وجماعات و راهنمایی دلسوز در صحنه انقلاب می باشید ، آن قدر از بینش سیاسی بی نصیبند كه بی درنگ پس ازسخنان شما درمجلس و[نماز]جمعه وپیشگاه ملت به این جنایت دست زدند و به كسی سوءقصد كردند كه آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین انداز است…
از حسن تدبیر مدیریت محترم هراز نو جناب آقای دکتر نصیری در تبیین وقایع نظام مقدس اسلامی ایران کمال امتنان را دارم.
همانگونه سروران عزیز مسحتضرند انقلاب نوپای جمهوری اسلامی ایران در حال تکامل و رشد بوده و حضور شخصیت های فرهیخته و نخبه و ولایت مدار و صادق و اصیل و ریشه ای موجب عزت این نظام مقدس گردیده و با حضور در محضر معمار کبیر انقلاب و بهره گیری از فرامین رهبر عظیم الشأن کمک شایانی نموده تا انقلاب تابنده عزیزمان در حال صدور به جای جای جهان گردد و ولی امر مسلمین جهان هم یکی از آن شخصیت ها بوده تا با علم و درایت خویش هم ضمن پاسخگویی به شبهات وقت با حضور به موقع خود و تبیین مسائل دین و اهداف بلند والای انقلاب امام زمانی عج این نظام مقدس گردد لذا دیده میشد این عزت و صلابت و حامیان ولی فقیه آن زمان در نقطه مقابل دشمنان کوردل قسم خورده وطن فروش و حیثیت خود عرضه کننده به دشمنان هر باره موجب مصیبتی برای دلسوزان نظام می گردید تا بتوانند جلوی تفکر بیداری اسلامی را بگیرند که این بار نوبت شاگرد مکتبی و مخلص رهبر کبیر فقید انقلاب امام راحل قدس الله نفسه الرکیه حضرت امام خامنه ای می باشد و آنها در فکر از روی برداشتن این مجسمه تقوا و بصیرت با ترور نافرجام خود در خیال خام خود خواسته اند تا سربازان ناب و مخلص نظام را به شهادت برسانند و قطعا امام زمان عج خود محافظ این سرباز نخبه خود بوده و این ذخیره نظام مقدس اسلام بوده اند و امروز نیز آثار و برکات وجودی ایشان را مشاهده می کنیم و رسالت مان هم بهره وری از تفکر ناب ولی امر مسلمین جهان می باشد تا هم موجب اعتلای مملکت عزیزمان گزدیم و هم موجب سرنگونی افکار پلید بدخواهان و یاوه گویان گردیم و در این ایام و لیالی میمون و مبارک دست نیاز به سوی خالق زیبائیها دراز نموده و برای صحت و سلامت این جانباز فدائی اسلام ناب محمدی حضرت امام خامنه ای دعا نموده و جانبرکف ایشان باشیم