حضور ایشان در انتخابات ریاست جمهوری نیز بنا به خواست دکتر احمدی نژاد بود و الا خود ایشان تمایلی به شرکت در انتخابات نداشت.
علی اکبر جوانفکر به خبرگزاری آریا در مورد حرفهای داوود احمدی نژاد مبنی بر جداشدن محمود احمدی نژاد از مشایی گفت:
روابط برادرانه و دوستانه میان آقای احمدی نژاد و آقای مشایی بسیار مستحکم است و هیچگاه تحت تاثیر مسائل سیاسی قرار نداشته است. سوابق کاری آقای مشایی نشان می دهد که ایشان همواره یک شخصیت فرهنگی و پژوهشی بوده است. حضور ایشان در انتخابات ریاست جمهوری نیز بنا به خواست دکتر احمدی نژاد بود و الا خود ایشان تمایلی به شرکت در انتخابات نداشت. فکر می کنم آقای مشایی برای همیشه از سیاست کنار کشیده باشد و بعید می دانم که بار دیگر در این عرصه حضور پیدا کند.