این شیوهٔ ارتقاء اگرچه زمانی می‌توانست روشی علمی و عادلانه برای ارزیابی علمی اعضای هیات علمی دانشگاه‌ها محسوب شود، اما به مرور زمان، وضع قوانین دست و پاگیر و سلیقه‌ای برای انتشار مقالات در این مجلات و متاسفانه پیدایی نوعی روحیهٔ معامله‌گری در نشر مقالات از سوی برخی نویسندگان مسئول و نیز انتشار مقالات کم ارزش دارندگان مشاغل اجرایی با لابی‌گری، ارزش علمی برخی مجلات یاد شده را پایین آورده است.
از سوی دیگر وجود ناداوری‌ها و در مواردی نیز عدم رعایت انصاف و عدالت در روند داوری مقالات، باعث بی‌انگیزگی و عدم رغبت اعضای هیات علمی برای انتشار مقاله در این مجلات شده است. به این ترتیب و به مرور زمان اصل قضیه که تشویق اعضای هیات علمی به تداوم کار پژوهشی است، فراموش شده و بسیاری از آنان از خیر ارتقاء علمی گذشته و عطای چاپ مقاله را به لقایش بخشیده‌اند.
آن چه گفتیم البته شامل تمام مجلات علمی_پژوهشی نمی‌شود و نگارنده،خود، سردبیران و تحریریهٔ مجلاتی را می شناسد که با رعایت تعهد بر انجام داوری درست نظارت و از چاپ مقالات بی‌ارزش پرهیز می‌کنند، اما گاه همین افراد متعهد نیز به خاطر ضعف قوانینی که بر روند داوری و نشر مجلات علمی_پژوهشی حاکم است، دستشان بسته می‌ماند.
در این نوشتار سعی می‌شود در حوصلهٔ یک یادداشت اینترنتی، برخی نواقص و مشکلات موجود در روند نشر مقالات علمی_پژوهشی آسیب‌شناسی شود و در پایان راه‌کاری برای برطرف شدن این نواقص و مشکلات ارائه گردد.
۱-آسیب‌شناسی:
۱-۱-داوری مقالات‌گاه با رعایت موازین علمی و بی‌طرفانه انجام نمی‌گیرد. چه بسا مقالات ارزشمندی که به دلیل تفاوت سلیقهٔ داوران مجلات با دیدگاه نویسندهٔ مقاله، در حین داوری رد می‌شوند. برخی داوران نیز هستند که با وجود آن که وقت یاحوصلهٔ خواندن تمام مقاله را ندارند، با صفاتی کلی آن را رد یا تایید می‌کنند. آسیب داوری بیشتر ناشی از پنهان بودن هویت داور و جایگاه خداگونه‌ای است که هم مجله و هم خود وی در هنگام داوری مقاله برای او قائل می‌شود. از اینجایگاه داور می‌تواند هر اشکالی به مقاله بگیرد، بدون آنکه مجبور باشد چشم در چشم نویسنده به او پاسخ دهد.
۱-۲-حاکم شدن روحیهٔ معامله‌گری و لابی‌گری در روند چاپ مقالات، برخی مجلات علمی_پژوهشی را از خاصیت انداخته است. در برخی مجلات چاپ مقالات دیگران در ازای چاپ مقالهٔ متولیان مجله انجام می‌گیرد. در واقع نوعی بده بستان غیررسمی بین متولیان این مجلات وجود دارد. از این رهگذر آسیب دیگری نیز متوجه روند چاپ مقالات می‌شود و آن انتشار مقالاتی است که از نظر علمی فاقد ارزشند، اما به دلیل روابط یا به خاطر شهرت نام نویسنده و با هدف کسب اعتبار برای مجله منتشر می‌شوند. در مقابل اما مقالات نویسندگان تازه‌کاری که ارزش علمی بالایی هم دارند، فرصت انتشار پیدا نمی‌کنند.
۱-۳-نیاز اعضای هیات علمی به انتشار مقاله‌ی ISI علمی_پژوهشی برای ارتقاء، باعث شده که آنان دست به دامن دانشجویان خود شوند. در بسیاری موارد استاد اصلا در جریان انتشار مقاله نیست و فقط نام و عنوان دانشگاهی وی به عنوان اعتبار مقاله «زیورآرای» آن می‌شود. دانشجویان نیز به نوبهٔ خود به موسسات چاپ و انتشار مقاله متوسل می‌شوند؛ موسساتی که با اخذ هزینه‌هایی در حدود یک تا دو میلیون تومان، مقالات دانشجویان را در مجلات به ظاهر معتبر چاپ می‌کنند. نیز باید گفت که انتشار مقالاتی با سه یا چهار یا پنج نویسنده که به جز یک یا دو نفر بقیه در نگارش آن نقشی نداشته‌اند، حکایت از بده‌بستان‌های ناپسند و مضحک در پشت پردهٔ چاپ مقالاتISI و علمی_ پژوهشی دارد.
۱-۴-روند انتشار مقالات در مجلات معتبر مورد تایید وزارت علوم زمان‌بر است و از سه ماه تا دو سال طول می‌کشد. مواردینیز دیده شده که متولیان مجله پس از گذشت دو سال باز هم از پاسخ‌گویی به نویسندهٔ آن طفره می‌روند.
موارد فوق تنها بخشی از آسیب‌های چاپ مقالات علمی به شیوهٔ حاضر است. حقیقت آن است که عوارض سوء روند کنونی انتشار مقاله در مجلات معتبر علمی، بیش از آن است که شرح آن در این مختصر بگنجد. از این رو نگارنده سراغ مطلب اصلی خود می‌رود که پیشنهادی است برای ایجاددگرگونی در روندانتشار مقالات و امتیازدهی به نویسندگان آن‌ها، با این تذکر که این پیشنهاد در حد یک ایدهٔ اولیه است و نیاز به پرورش و اصلاح دارد.
۲-راهکار:
پیشنهاد مشخص نگارنده که الهام گرفته شده از چگونگی انتشار مقالات در سایت‌های اینترنتی است، آن است که مجلات علمی به جای شیوهٔ کنونی داوری مقالات که در آن نام داور پنهان می‌ماند و تعداد آن‌ها نیز محدود به دو یا سه نفر می‌شود، روشی دیگر را به کار گیرند که در آن، مقاله پس از احراز چند شرط ابتدایی، در معرض دید و داوری تعداد زیادی مخاطب متخصص قرار می‌گیرد و با امتیازدهی آشکار داورانی که هویت آنان مشخص و اشکالاتشان بر مقاله نیز در معرض دید همهٔ خوانندگان است و از سوی دیگر امکان پاسخ‌گویی نویسندهٔ مقاله یا داوران دیگر به این اشکالات نیز فراهم است، مقاله ارزش‌گذاری و رتبه‌بندی می‌شود. داوران این مجلات از میان فارغ‌التحصیلان متخصص در رشتهٔ تخصصی مجله انتخاب می‌شوند. با توجه به اعتبار علمی یا مدرک تحصیلی آن داور نیز میزان امتیازی که وی می‌تواند به آن مقاله بدهد تفاوت خواهد کرد. هر مقاله بعد از رسیدن به حدی مشخص از امتیازاتی که داوران به آن داده‌اند، در رتبهٔ ترویجی یا علمی_پژوهشی قرار خواهد گرفت. به این ترتیب هر مقاله مراحل ذیل را برای کسب رتبه خواهد گذراند:
۱-مقاله به دفتر مجله وصول می‌شود.
۲-مقاله از سوی سردبیر یا تحریریه داوری ابتدایی می‌شود. این داوری ناظر بر فرمت و حداقلی از محتوای علمی خواهد بود.
۳-مقاله پس از کسب حداقل‌های لازم، در بخشی از سایت اینترنتی مجله که مخصوص مقالات «در حال داوری» است، منتشر می‌شود. در این مرحله هم داوران متخصص و هم عموم خوانندگان می‌توانند مقاله را رویت کنند.
۴- داوران مجله که دارای گذرواژهٔ مخصوص خود هستند و تخصصی مرتبط با مقاله دارند، در بارهٔ مقاله نظر می‌دهند و محاسن و معایبش را باز می‌گویند و نهایتا بدان امتیازات مثبت یا منفی می‌دهند. تمام عملکرد داوری در این مرحله باید آشکار و برای عموم قابل دسترسی باشد. نیز نویسندهٔ مقاله باید فرصت پاسخ‌گویی به اشکالات داوران را داشته باشد و سایر داوران مجاز نیز بتوانند در تایید یا رد نظرات هم استدلال کنند و به مقاله امتیاز دهند.
۵-مقاله پس از گذشت یک بازهٔ زمانی مشخص و در صورت رسیدن به حداقلی از امتیاز علمی به بخش مقالات پذیرفته شده سایت مجله منتقل و در زمرهٔ مقالات منتشر شدهٔ آن مجله محسوب می‌شود. هر مقاله با توجه امتیازی که کسب می‌کند، در رتبهٔ ترویجی یا علمی_پژوهشی دسته‌بندی می‌شود.
۶- پس از گذشت یک بازهٔ زمانی مشخص و در صورت عدم کسب حداقل امتیاز لازم از سوی داوران، مقاله از فهرست مقالات مجله حذف می‌شود.
فایدهٔ این شیوهٔ داوری آن است که:
۱-هیچ مقاله‌ای ولو با اندک ارزش علمی از معرض دید مخاطب پنهان نمی‌ماند. نهایتا نیز مقاله یا رد می‌شود و یا در قالب ترویجی یا پژوهشی منتشر خواهد شد.
۲-هویت آشکار داوران مانع از قضاوت‌های سلیقه‌ای و فاقد مبنا خواهد شد.
۳-تعدد داوران متخصص، ضریب خطای داوری را کاهش می‌دهد.
۴-فرصت بحث و تبادل نظر در بارهٔ مقاله به پر بار شدن مباحث علمی خواهد انجامید.
۵-با توجه به در معرض دید بودن مقاله و فرصت اظهار نظر تعداد زیادی داور برای مقاله، امکان سرقت علمی به حداقل خواهد رسید.
۶-نویسندهٔ مقاله می‌تواند با آسودگی از مطالب خود دفاع و داوران موافق و مخالف را در ارزیابی علمی مقاله‌اش یاری کند.
۷-داوری مقالات از حالت اقتدارگرایانه و تک‌گویی کنونی خارج می‌شود و شکلی گفتگومدار و چند صدایی می‌یابد.
همان طور که قبلا گفته شد این پیشنهاد در حد یک ایدهٔ اولیه است و یقینا نقایصی دارد که بر طرف شدن آن‌ها نیازمند هم‌فکری مخاطبان متعهد و آگاه آن و نیز توجه ویژهٔ مسئولان پژوهشی مراکز آموزش عالی و متولیان مجلات علمی_پژوهشی است.