افزایش 35 درصدی حقوق کارکنان ریاست جمهوری و وزارت کشور، با بند 9 اصل سوم قانون اساسي مغایر است و موجب بروز تبعيضات ناروا و عدم برقراری امكانات عادلانه در بين كاركنان دولت میشود.
مرکز پژوهش‌های مجلس از تصمیمات دولت در افزایش حقوق کارمندان دستگاه‌های مختلف اجرایی انتقاد کرد و افزایش 35 درصدی حقوق کارکنان نهاد ریاست جمهوری و وزارت کشور را مصداق این تبعیض عنوان کرد.مرکز پژوهش‌های مجلس درباره اجرا نشدن قانون مدیریت خدمات کشوری نوشته است: مستثنا كردن برخي دستگاه‌های اجرایي مندرج در این قانون، عملاً زمينه را برای عدم اجرای قانون و یا خروج برخي دستگاه‌های اجرایي از دامنه شمول قانون فراهم كرد.
در مرحله اجرا بسياری از شرکت‌های دولتي و دستگاه‌های اجرایي با این بهانه كه قانون مناسب آنها نيست از اجرای آن شانه خالي كردند و مقررات خاص پرداخت خود را دارند.
مرکز پژوهش‌های مجلس در ادامه به مستثنا شدن متوالی دستگاه‌های مختلف از شمول قانون مدیریت خدمات کشوری از طریق لابی با دولت و مجلس انتقاد کرده و آورده است: برخي دستگاه‌های اجرایي نظير سازمان پزشكي قانوني، سازمان انتقال خون، سازمان دامپزشكي و سازمان زندان‌ها بر اساس مصوبات مجلس شورای اسلامي از پرداخت‌های قابل توجهي حتي تا ميزان سه برابر حقوق و مزایای دریافتي تحت عنوان فوق‌العاده جذب برخوردار شدند.
بند ب ماده 20 قانون برنامه پنجم توسعه نیز بسیاری از کارمندان دستگاه‌های اجرایی مشمول قانون نظير دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزشي و پژوهشي و صندوق رفاه دانشجویان را از شمول قانون مدیریت خدمات كشوری خارج كرد كه طبيعتاً ضوابط پرداخت متفاوتي را اجرا می‌کنند.
كاركنان ستادی وزارت علوم، تحقيقات و فناوری و همچنين وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي نيز بر اساس مصوبه هيئت وزیران و شورای عالي انقلاب فرهنگي از شمول قوانين عمومي خارج شده‌اند.
در ادامه این روند نادرست، قوه قضائيه نیز با مصوبه‌ای كه به استناد بند الف ماده 50 قانون برنامه پنجم توسعه از هیئت وزیران گرفت، حقوق كارمندان خود را به ميزان 50 درصد افزایش داد.
وزارت كشور و نهاد ریاست جمهوری نيز بر اساس تصویب نامه هيئت وزیران حقوق كارمندان خود را تا 35 درصد افزایش دادند. سازمان‌ها و نهادهای عمومي غيردولتي كه بعضاً دارای وابستگي سازماني و مالي به دولت هستند و عهده‌دار انجام امور حاكميتي می‌باشند، غالباً از سازوكارهای بخش خصوصي تبعيت می‌کنند و وجوهي خارج از قاعده را به كاركنان و مدیران خود پرداخت می‌کنند نظير سازمان تأمين اجتماعي كه صاحبان اصلي منابع مالي آن كارگران و كاركنان كشور هستند.
اكنون نظام پرداخت در كشور به نظامي چندپاره تبدیل شده است كه هر دستگاهي به اقتضای منابع مالي در اختيار، درآمدهای اختصاصي و توان جذب اعتبارات عمومي، با استفاده از سازوكارهای قانوني و حتي غيرقانوني به كارمندان خود حقوق و مزایا پرداخت می‌کند.
این موضوع سبب شده است كاركنان برخي دستگاه‌ها از دریافت‌های قابل توجهي برخوردار باشند و كاركنان برخي دستگاه‌های اجرایي نظير وزارت آموزش و پرورش از حداقل‌های قانوني نيز بی‌بهره بمانند.
امری كه در مغایرت آشكار با بند 9 اصل سوم قانون اساسي جمهوری اسلامي ایران است، زیرا موجب بروز تبعيضات ناروا و عدم برقراری امكانات عادلانه در بين جامعه كاركنان دولت شده است.