آیت‌الله مصطفی محقق داماد عضو فرهنگستان علوم از شاگردان علامه بود که به علت نسبت خانوادگی، با ایشان انس دیرین نیز داشت و خاطرات ارزنده‌ای از علامه گفت که خواندنی است.
آیت‌الله سید مصطفی محقق داماد عضو فرهنگستان علوم در مورد علامه سید محمدحسین طباطبایی اظهار داشت: علامه طباطبایی از قدرت تحمل و تساهل دینی و شخصی قابل ستایشی برخوردار بود.
وی افزود: علامه در تفسیر ذیل آیه‌ای از سوره یس که درباره معاد است تفسیری نوشتند که موجب برانگیختگی روحانیونی که روحیه کلامی داشتند شد و با کمال صراحت علیه ایشان حمله‌ها را آغاز کردند.
محقق داماد ادامه داد: علامه در روضه‌ای حضور داشت که سخنران در حضور علامه حملات تند علیه علامه آغاز کرد و من نیز در آن روضه حضور داشتم به صورت علامه نگریستم اندک تغییری در صورت علامه مشاهده نکردم و بعد از سخنرانی نیز با وقار جلسه را ترک گفتند.
وی افزود: مکرر در جلسات دیدم که افراد حضور پیدا می‌کنند و سوالات تند الحادی از ایشان می‌پرسیدند. علامه قدری تامل می‌کردند و بدون هیچ انگیختگی جواب را می‌دادند و سعی می‌کردند تا شخص سوال کننده با جواب مستدل و منطقی قانع کنند.
آیت‌الله محقق داماد ادامه داد: مدتی نزد علامه درس خواندم و به دلیل اینکه دختردایی من که ـ دختر آیت‌الله حاج مرتضی حائری است ـ با فرزند علامه ازدواج کرد و با ایشان فامیل شدیم.
وی یادآور شد: وقتی جرقه‌های انقلاب در سال 1342 شروع شد، پدر من و آقای حائری اصرار داشتند که علما تک تک اعلامیه ننویسند و اطلاعیه‌ها دسته‌جمعی امضا شود.
استاد دانشکدهٔ حقوق دانشگاه شهید بهشتی افزود: به دلیل اینکه ماشین‌نویسی بلد بودم، اطلاعیه‌های علمای قم قبل از انقلاب را من تایپ می‌کردم.
وی افزود: به خاطر دارم آیت‌الله محقق داماد، علامه طباطبایی، آیت‌الله زنجانی، آیت‌الله میرزا هاشم آملی لاریجانی و آیت‌الله حائری اطلاعیه را با هم امضا می‌کردند من به دلیل اینکه ماشین‌نویسی بلد بودم، بنابراین اطلاعیه را تایپ می‌کردم و به منزل علامه می‌بردم تا ایشان و دیگران امضا کنند. این کارها به دست من بود و علما دسته‌جمعی اطلاعیه می‌دادند تا وقتی که برخی از آن‌ها رحلت کردند.
آیت‌الله محقق داماد در پاسخ به این پرسش آیات عظامی که فرمودید که طیف سنتی حوزه علمیه بود،گفت: بله، طیف سنتی حوزه علمیه، اواخر عمر علامه طباطبایی ارتباط من با ایشان نزدیک‌تر شد.
وی افزود: علامه ابتدا در قم خانه نداشت و پس از فروش زمین خود در تبریز موفق به خرید خانه‌ای در قم شد. (پس از رحلت علامه، این خانه با واسطه‌گری بنده توسط آیت‌الله سبحانی خریداری شد و اکنون دارالقرآن است).
استاد مدرسه عالی شهید مطهری ادامه داد: منزلی که علامه طباطبایی(ره) خرید، در همسایگی منزل بنده بود و من گهگاه نقش فرزند ایشان را داشتم و اگر کاری بود از طرف دختردایی به من منتقل می‌شد.
وی افزود: آیت‌الله مطهری از تهران به من زنگ زدند و گفتند شاه به پیشنهاد برخی تصمیم گرفته به دو نفر، یکی علامه طباطبایی در قم و دیگری حاج میرزا رحیم ارباب در اصفهان، دکترای افتخاری بدهد، تا مقدمات تأسیس یک دانشگاه اسلامی را به ریاست علامه فراهم کند. آقای مطهری به من گفت: شما بروید به علامه طباطبایی بگویید مصلحت نیست قبول کنید.
آیت‌الله محقق داماد ادامه داد: من آمدم خدمت علامه. خاطرم نیست منزل ایشان آن زمان تلفن نداشت یا بیان این موضوع مصلحت نبود یا شایدم هم منظور آیت‌الله مطهری این بود که بروم علامه را قانع کنم که دکتری افتخاری را نپذیرند.
وی تصریح کرد: در هر صورت وقتی خدمت علامه رسیدم ماجرا را به آقای طباطبایی گفتم، ایشان گفت: اگر آقای مطهری مصلحت نمی‌بینند، چشم! شما بگویید حالا من چه کنم؟ گفتم: به نظرم شما از منزل خارج شوید و مسافرت کنید. ایشان از قم به تهران رفتند. آقایان آمدند، هر چه در زدند، کسی خانه علامه طباطبایی نبود که در را باز کند و به طبع، دکترای افتخاری هم به ایشان داده نشد.
عضو فرهنگستان علوم ایران ادامه داد: بعدها عده‌ای به دروغ گفتند: که علامه دکترای افتخاری از شاه دریافت کرد که این کذب محض است!
وی با بیان اینکه خاطره دیگری که از علامه دارم و بیان آن برای جوانان مفید است. گفت: علامه طباطبایی مقیّد بودند که هر هفته عصر جمعه سر مزار خانمشان بروند. بعد از ظهر یکی از جمعه‌های زمستان سال 53 یا 54 بود. سر کوچه آمدم دیدم علامه طباطبایی عصا زنان از منزل خارج شدند.
وی گفت: بیرون هوا بسیار سرد بود چون قم کویری است در زمستان هوا بسیار سرد می‌شود و سرمایش سوز عجیبی دارد. از آنجایی که در مواجهه با بزرگان فرصت را باید غنیمت بشماریم، من یک سؤال از علامه کردم و همراه ایشان راه افتادم. بعد پرسیدم: آقا کجا تشریف می‌روید؟ علامه که از پل حجتیه در حال عبور بود، گفت: به قبرستان حاج شیخ عبدالکریم برای فاتحه‌خوانی مزار همسرم می‌روم، (علامه مقیّد بودند که هر هفته عصر جمعه سر مزار خانمشان بروند).
آیت‌الله محقق داماد ادامه داد: گفتم اجازه بدهید من هم با شما بیایم. به مزار که رسیدیم ایشان فاتحه‌ای خواند و بعد شروع به قرائت قرآن کردند، من هم شروع به قرائت قرآن کردم.
وی در ادامه با بیان اینکه قرائت که تمام شد، موقع برگشت به علامه گفتم: حاج آقا در این سرما برای سلامتی شما مصلحت نیست از خانه بیرون بیایید، هر زمان هوا خوب بود برای فاتحه‌خوانی بروید. خاطرنشان کرد:علامه با همان لهجه زیبای ترکی خود فرمودند: «انس است دیگر، انس است…»