جمعی از دانشجویان دانشگاه‌های تهران با صدور نامه‌ای خطاب به رئیس‌جمهور خواستار معرفی فرد دیگری به جای توفیقی به عنوان وزیر پیشنهادی علوم شدند.
متن این نامه و اسامی دانشجویان به شرح ذیل است:
جناب آقای دکتر حسن روحانی
ریاست محترم جمهوری اسلامی ایران
سلام علیکم
اهمیت و ارزش دانشگاه بر تمامی افراد جامعه آشکار است و همگان می‌دانند که اگر جامعه‌ای قصد دارد رو به پیشرفت و تعالی گام بردارد و ساختارهای جدیدی را بنیاد گذارد و نواقص گذشته را رفع نماید باید اصلاح جامعه را از دانشگاه‌ها آغاز نماید به همین علت است که امام راحل فرمودند: اگر دانشگاه اصلاح شود جامعه اصلاح می شود.
چندی است خبرهایی از اطرافیان رئیس‌جمهور مبنی بر معرفی دکتر توفیقی به عنوان وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری به مجلس شورای اسلامی در رسانه‌ها مطرح شده است.
از سوی دیگر رفت و آمدهای دکتر توفیقی به مجلس شورای اسلامی و صحبت و گفتگو با نمایندگان محترم مجلس و کمیسیون‌های مختلف بیش از پیش بر نگرانی قشر عظیمی از دانشجویان دانشگاه‌های تهران افزوده است.
جناب آقای رئیس‌جمهور
شعار اعتدال حضرتعالی قشر عظیمی از مردم فهیم ایران را به شما علاقه مند نمود و ملت عزیز به گفتمان اعتدال رای دادند ولی متاسفانه برخی افراد در دولت و اطرافیان حضرتعالی هیچ درک صحیحی از اعتدال ندارند و همیشه در طول دوران مسئولیت خویش به عنوان افرادی تندرو و افراطی در مسائل گوناگون شهره می‌باشندو هزینه‌های بسیاری را بر نظام تحمیل نموده‌اند.
چگونه امکان دارد فردی که در فتنه سال 88 نظام مقدس جمهوری اسلامی را به تقلب متهم کرده و در سخنرانی خود در مسجد دانشگاه تهران مدعی تقلب گسترده در انتخابات می‌شود و از جابجایی آرای مردم سخن می‌گوید با شعار اعتدال ریاست محترم جمهور هم‌خوانی داشته باشد؟
آیا معرفی فردی که در فتنه سال88 کارنامه روشنی نداشته و مرزبندی مشخصی با عناصر افراطی فتنه‌گر ندارد به عنوان وزیر پیشنهادی علوم و تحقیقات از سوی دولت اعتدال گرای حضرتعالی عملی خلاف اعتدال نمی‌باشد؟
آیا معرفی فردی که در دانشگاه تهران سخنرانی علیه نظام مقدس جمهوری اسلامی کرده است با مبنا قرار دادن عملکرد مجلس شورای اسلامی در عدم رای اعتماد به جناب آقای دکتر میلی‌منفرد تنها و تنها به دلیل شرکت در جلسه‌ای که آقای دکتر توفیقی و همفکران ایشان سخنران آن بودند به معنای برخورد مستقیم با نمایندگان ملت از سوی ریاست محترم جمهور در آغاز دولت یازدهم نمی باشد؟
آیا معرفی فردی که در دوران کوتاه سرپرستی خود بر وزارتخانه علوم با سرعت خیره‌کننده‌ای تمامی افرادی که اندکی با خط و مشی‌های سیاسی ایشان و هم فکرانشان سازگاری نداشته است بدون توجه به عملکرد علمی آنها و فقط و فقط به دلیل اختلاف در مسائل سیاسی تغییرات گسترده داده است با شعار استفاده از تمامی ظرفیت‌های موجود در کشور در تعارض نمی‌باشد؟
با توجه به تاکیدات فراوان مقام معظم رهبری مبنی بر حرکت پرشتاب علمی در فضای دانشگاه‌های کشور و تاکید فراوان حضرتعالی در پیروی از سیره و سخنان مقام معظم رهبری، معرفی فردی با چنین کارنامه‌ای کاملا سیاسی و به دور از فضای علمی مدنظر رهبری، به حرکت پرشتاب علمی کمک خواهد کرد و منویات رهبری در فضای دانشگاه به عرصه ظهور خواهد رسید؟
آیا این اقدام ریاست محترم جمهور مبنی بر اصرار فراوان بر معرفی فردی اصلاح‌طلب و فعال در فتنه سال88 بر ریاست یکی از مهم‌ترین وزارتخانه‌های کشور، اتهام شرکت سهامی کردن وزارتخانه‌ها و ایجاد دولت ائتلافی در دولت یازدهم و نشانه‌هایی از سهم‌خواهی عده‌ای از جناب آقای رییس‌جمهور را در اذهان ایجاد نمی‌کند؟
جناب آقای رئیس‌جمهور
دانشجویان به دولت تدبیر و امیدخوش بین هستند و فرازهایی که در این نامه عنوان شد قسمتی از دغدغه‌های دانشجویان برای کشور و نظام آموزش عالی و حرکت پرشتاب علمی در دانشگاه‌ها می‌باشد و از سوی دیگر ضرورت خط قرمز شدن فتنه برای افرادی است که قصد خدمتگزاری به این ملت بزرگ را دارند.
در پایان بر خود لازم می‌دانیم یادآور شویم مدیریت آقای توفیقی بر وزارت علوم در دوران اصلاحات چنان سرانجامی داشت که در سایه مدیریت ایشان و همفکرانشان، موجی از افراط و تفریط بر فضای دانشگاه‌ها حاکم شد تا آنجا که رئیس‌جمهور وقت توسط هواداران دیروزش مورد اهانت واقع شد.
از خداوند منان برای حضرتعالی و دولت یازهم توفیق روزافزون را خواستاریم.
رونوشت: نمایندگان مجلس شورای اسلامی، روسای محترم دانشگاه‌های سراسر کشور و هیئت رئیسه مجلس شورای اسلامی
من الله توفیق
جمعی از دانشجویان دانشگاه های تهران
مهرماه 1392